枯草芽孢桿菌改良土壤主要表現在調節土壤養分、改變土壤微生物菌群結構、分解土壤殘留農藥等方面。

調節土壤養分：枯草芽孢桿菌及其分泌物可加速氮、磷與鉀的礦化與釋放，從而提高土壤養分。不過枯草芽孢桿菌自身生長和繁殖會消耗土壤中的有機質，所以建議和有機肥一同使用。

改變土壤微生物菌落結構：健康土壤中一般是細菌數量>放線菌數量>真菌數量，但在土壤問題嚴重時，會使部分真菌如鐮刀菌、灰葡萄孢、大麗輪枝菌數量上升，而誘發土傳多種土傳病害，枯草芽孢桿菌的入駐定殖可改變作物根域土壤微生物的結構和多樣性，細菌、放線菌數量明顯增加，真菌數量明顯降低。

分解土壤殘留農藥：枯草芽孢桿菌可通過提高土壤中脲酶、蛋白酶、蔗糖酶等的活性，來幫助降解對植物生長有害的物質如部分除草劑、辛硫磷、丙溴磷等。

一方面，枯草芽孢桿菌可促進作物生長；另一方面，枯草芽孢桿菌可提升抗病能力。

促進作物生長：枯草芽孢柑橘通過改良土壤，為作物的根系創造良好的環境及營養條件。此外，枯草芽孢桿菌分泌活性物質可刺激作物生長型內源激素占比上升，如吲哚乙酸、赤霉素等含量增加，脫落酸含量降低等，有助于增產增收。

提升抗病能力：前面我們提到過，枯草芽孢桿菌可降低土壤中病原微生物的數量，但這只是其抗病作用的一部分。

枯草芽孢桿菌具備定殖能力，可以在作物根、莖、葉內部和土壤中成功定殖，當定殖量達到一定水平時(10^4 CFU/g)，可通過搶占空間與營養，阻礙病原菌對作物的侵染與傷害。

同時，枯草芽孢桿菌在定殖后可以產生抗生素、抗菌蛋白等活性物質使菌絲發生扭曲、腫脹和變形，進而抑制病原菌的生長，實現對病害的防治。

枯草芽孢桿菌在土壤中定殖后，會產生大量的植物激素和有機酸，刺激根系的生長，改良土壤質量，促進作物生理代謝，形成良性的植物-土壤-微生物生態系統，從而有效提高作物品質。